องค์การบริหารส่วนตำบลนาบอน จัดตั้งขึ้นจากประกาศองค์การบริหารส่วนตำบล จำนวน 2,143 แห่ง ซึ่งประกาศในราชกิจจานุเบกษา ฉบับทั่วไปเล่มที่ 113 ตอนที่ 9 ง วันที่ 30 มกราคม 2539 โดยเลือกตั้งสมาชิกสภาองค์การบริหารส่วนตำบล ในวันที่ 27 เมษายน 2539 ความเป็นมาของท้องที่ตำบลนาบอน มีปรากฎตามทำเนียบข้าราชการเมืองนครศรีธรรมราช ครั้งรัชกาลที่ 2 ว่า ในแผ่นดินพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ เคยเป็นแขวง หรือที่เรียกว่า "ที่นาบอน" มีนายที่ชื่อ ขุนโจมธานี รองนายที่ชื่อ ขุนศักดิ์ ซึ่งอยู่ในความปกครองของเมืองนครศรีธรรมราช ครั้นต่อมาเมื่อ พ.ศ. 2440 ได้มีการจัดการปกครองแบบใหม่ แขวงนาบอน ได้ตั้งขึ้นมาเป็นตำบลนาบอน ซึ่งอยู่ในเขตการปกครองอำเภอทุ่งสง จังหวัดนครศรีธรรมราชปัจจุบันตำบลนาบอนได้อยู่ในเขตการปกครองอำเภอนาบอน จังหวัดนครศรีธรรมราช